Segnaliamo sul punto la sentenza del TAR Veneto n. 1264 del 2013.

Si legge nella sentenza: "4. Ne è possibile condividere quelle argomentazioni dell’Amministrazione comunale nella parte in cui sostiene che il silenzio assenso non si sarebbe formato in conseguenza della carenza dei presupposti per il rilascio del provvedimento di sanatoria.
4.1 Dall’esame del comma 37 dell’art. 32 della L. 326/2003 non è possibile evincere il principio sopra citato e, ciò, considerando come, al contrario, la stessa norma subordini il silenzio assenso al verificarsi di alcune circostanze (quali il pagamento degli oneri concessori e la presentazione di un’idonea documentazione), il cui mancato venire in essere non è stato contestato dall’Amministrazione comunale.
4.2 Sul punto va richiamato quell’orientamento giurisprudenziale (per tutti si veda Cons. Stato Sez. V, Sent., 12-03-2012, n. 1364) che ha sancito che il silenzio-accoglimento si perfeziona anche se mancano i presupposti per l'accoglimento della domanda.
4.3 La stessa pronuncia sopra citata ha rilevato che in conseguenza dell’avvenuto formarsi del silenzio assenso l’Amministrazione avrebbe dovuto procedere all’esercizio dei poteri di autotutela (cfr. Cons. Stato, Sez. V, 24 marzo 1997, n. 286), misura quest’ultima “che consente di contemperare il ripristino della legalità con l'esigenza, pure avvertita dal legislatore, di rendere effettivamente praticabile l'istituto del silenzio accoglimento (così Cons. St. , V, n. 4114/06)”.
4.4 Si consideri, ancora, come ulteriori decisioni (per tutti si veda Cons. Stato Sez. V, 02-05-2013, n. 2395) hanno ribadito che “Nell'ipotesi di opere edilizie abusive realizzate su aree sottoposte a vincolo, il silenzio - assenso dell'amministrazione comunale può formarsi con il decorso del termine di ventiquattro mesi dall'emanazione del parere dell'autorità preposta alla tutela del vincolo stesso e soltanto se tale parere è favorevole all'istante (Conferma della sentenza del T.a.r. Friuli-Venezia Giulia, 27 novembre 2000, n. 1245)”.
5. Constatando l’avvenuto decorso del termine dei ventiquattro mesi, ne consegue che non può essere nemmeno considerata preclusiva la circostanza in base alla quale le attività di cui all’istanza di sanatoria avrebbero inciso su un’area sottoposta a vincolo e, ciò, in applicazione dell’art. 32 comma 27 lett. d) del D.L. 269/2003.
5.1 Sul punto risulta dirimente constatare che l’intervento di cui si tratta, non solo sia stato ritenuto espressamente conforme alla disciplina paesaggistica, ma nel contempo, va considerato che l’istanza di sanatoria proposta era diretta a sanare un mutamento di destinazione d’uso in residenziale, del tutto ammissibile ai sensi dell’art. 3 comma 4 della L. reg. Veneto 21/2004. Detta norma ha, infatti, sancito che sono suscettibili di sanatoria edilizia quei mutamenti di destinazione d’uso, con o senza opere, qualora la nuova destinazione d’uso non comporti un ampliamento dell’immobile".

sentenza Tar Veneto 1264 del 2013