Lo precisa la sentenza del TAR Veneto 1070 del 2013.

Scrive il TAR: "va rilevato come sia infondata la censura relativa alla presunta violazione dell’art. 15 comma 6, e art. 15 comma 2 della L. Reg. 15/2004, laddove si sostiene l’illegittimità del verbale della conferenza del 28 Settembre 2009 e delle consequenziali autorizzazioni commerciali del 01/07/20120, in considerazione del fatto che detti provvedimenti presupporrebbero la vigenza del permesso di costruire n. 165/2005, permesso che, al contrario, parte ricorrente ritiene decaduto per superamento dei termini in esso previsti.
8.2 Sul punto va rilevato che la decadenza di un permesso presuppone comunque un atto esplicito, con un contenuto e diretto a rilevare l’avvenuta decadenza, provvedimento quest’ultimo che non è stato mai emanato dall’Amministrazione comunale. A dette conclusioni conforta  quell’orientamento giurisprudenziale, oggetto peraltro di una recente pronuncia (Cons. Stato Sez. III, 04-04-2013, n. 1870), nella parte in cui si è affermato che “la pronunzia di decadenza del permesso di costruire riceve puntuale disciplina all'art. 15, comma 2, D.P.R. n. 380/2001 (T.U. Edilizia). Si tratta di un provvedimento che ha carattere strettamente vincolato all'accertamento del mancato inizio e completamento dei lavori entro i termini stabiliti dal cit. art. 15, comma 2, (rispettivamente un anno e tre anni dal rilascio del titolo abilitativo, salvo proroga) ed ha natura ricognitiva del venir meno degli effetti del permesso a costruire per l'inerzia del titolare a darvi attuazione. Tale provvedimento ha carattere meramente dichiarativo di un effetto verificatosi ex se, in via diretta, con l'infruttuoso decorso del termine prefissato con conseguente decorrenza ex tunc (Riforma della sentenza del T.a.r. Toscana -Firenze, sez. III, n. 955/2012)”. Si è sancito, altresì, che “la decadenza pur operando automaticamente per effetto dell’inutile decorso dei termini di inizio e fine lavori, deve essere formalizzata in un provvedimento amministrativo per quanto vincolato che presuppone un acclaramento da parte dell’amministrazione da effettuarsi mediante un procedimento soggetto alle regole della L.07 Agosto 1990 n. 241 (TAR lazio Latina sez. I 07/06/2007 n. 424)”.
8.3 E’, inoltre, evidente come l’esame degli atti consente di constatare come le attività edilizie fossero iniziate, circostanza quest’ultima che consente di ritenere come l’Amministrazione abbia ritenuto lo status quo meritevole dell’emanazione di un nuovo permesso di costruire al fine di completare quelle opere, ancora, non eseguite.
8.4 Ne consegue che la conferenza di servizi del 28 Settembre 2009 ha legittimamente consentito la nuova distribuzione delle superfici commerciali sulla base di un permesso di costruire valido ed efficace e, ciò, peraltro in considerazione dei termini di inizio e conclusione dei lavori successivamente modificati".

sentenza TAR Veneto 1070 del 2013